今日は待ちに待った東京オリンピック！
会場に到着したマリオとソニックはこれから始まる競技の数々に期待を膨らませていた
そんな二人の前にやってきたキノピオ
彼の手には何やらマリオ達宛てのプレゼントBOXが抱えられていた
その中身は「TOKYOオリンピック64」と書かれた見たことないレトロなゲーム機
しかし肝心の電源スイッチが見つからず、後からやってきたルイージと共に電源を手探りで探し出す面々
その様子をイライラしながら会場の影から覗き見しているクッパとエッグマン
どうやらあのゲームマシンは彼らによる差し金のようだ
電源が見つからずに悪戦苦闘するマリオとソニックの様子に我慢できなくなったクッパは遂にその身を乗り出した！
クッパを追ってエッグマンも慌てて飛び出す
ところがクッパに驚いたルイージが偶然電源スイッチを入れ当ててゲームが起動する
すると突然ゲーム機が光り出し、その光はマリオ・ソニック・キノピオ
そしてクッパ・エッグマンを包みこんでしまう！
光が止み ルイージが目を開けた時
なんとマリオ達の姿が消えてしまったのだ！
