ある日、ソニックはテイルスとともにエンジェルアイランドに向かっていた
ところが、そこで見たのはDr.エッグマンがロボット達とともに地中から鉱石を発掘していたところだった。
しかしその鉱石を手に入れた瞬間、突如周囲の時空が歪み・・・
そしてそばに居合わせたエッグマンのロボット達もそれぞれ異なる姿へと変化したのだった・・・
どうやら先ほどエッグマンが発掘した鉱石は『ファントムルビー』と呼ばれる強大な力を持った鉱石で、エッグマンのロボット達もその鉱石の力で大きな力を持つロボット「ハードボイルドへビーズ」へと変貌したのだ。
果たしてエッグマンはファントムルビーを使って何を企んでいるのか・・・?